Naruto est de retour ! après trois ans d'entraînement avec Jiraya, il retrouve ses camarades de l'académie Ninja ainsi que ses professeurs à Konoha. Tous ont évolué, y compris les ninjas du village de Suna. Seul Kakashi, semble être resté fidèle à lui-même ! Hélas, les retrouvailles sont de courte durée. Gaara, devenu depuis peu Kazekage de son village est menacé. Tout porte à croire que l'Akatsuki soit à l'origine de l'attaque, mais dans quel but ?